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生命學(xué)院團(tuán)隊(duì)揭秘植物如何感受“生命之重”

2024.09.05

    文字

    陶天野


    圖片設(shè)計(jì)

    韓羽臻


    資料提供

    科研院  生命學(xué)院


    編審

    劉蔚如  周襄楠

    張歌明  張莉

    李萍


    欄目統(tǒng)籌

    周襄楠  賀茂藤

主樓旁高大的雪松、學(xué)堂路上成排的加楊和圓柏、荷塘中亭亭玉立的荷花……我們?cè)谇迦A園中穿行時(shí),享受著樹(shù)木枝椏密葉下的陰涼,欣賞著花草的五彩繽紛,但目力所及的所有植物為何總是向下扎根、向上生長(zhǎng)?

一般情況下,對(duì)于一株植物而言,不管被如何旋轉(zhuǎn)或者是塑形,它的根總會(huì)朝向地心生長(zhǎng),而莖則努力向上尋找陽(yáng)光,這種現(xiàn)象被稱(chēng)為植物的重力感應(yīng)。

為什么會(huì)有這個(gè)現(xiàn)象,它是怎么發(fā)生的?這個(gè)問(wèn)題讓科學(xué)家們追問(wèn)了超過(guò)兩百年。早在1806年,托馬斯·安德魯·奈特證明了重力指導(dǎo)著植物器官的生長(zhǎng)方向。緊接著,此后的一個(gè)世紀(jì)里先后出現(xiàn)了兩項(xiàng)重要成果:進(jìn)化論的奠基人查爾斯·羅伯特·達(dá)爾文將植物根部感受重力方向的區(qū)域具體到了根尖;20世紀(jì)初的“淀粉-平衡石”假說(shuō)則在“細(xì)胞內(nèi)淀粉體沉降”這一生物現(xiàn)象和“觸發(fā)重力感應(yīng)信號(hào)”的結(jié)論間建立起了假設(shè)性聯(lián)系。

而生命科學(xué)探索并未止步于此,隨著分子生物學(xué)和基因技術(shù)的發(fā)展,科學(xué)家們開(kāi)始致力于揭示植物感應(yīng)重力的分子機(jī)制。從細(xì)胞層面到分子層面,就如從一場(chǎng)戲劇的前臺(tái)走入后臺(tái),去深入了解構(gòu)成劇目的每一部分如何運(yùn)作和串聯(lián)。

清華大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院副教授陳浩東正是眾多“走入后臺(tái)”的科學(xué)家中的一員。2023年,清華大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院、清華-北大生命科學(xué)聯(lián)合中心陳浩東團(tuán)隊(duì)發(fā)表于《細(xì)胞》(Cell)期刊的研究論文“植物中淀粉體沉降重新極性化LAZYs實(shí)現(xiàn)重力感受”(Amyloplast sedimentation repolarizes LAZYs to achieve gravity sensing in plants),為“植物感受重力過(guò)程中的分子機(jī)制”這個(gè)跨世紀(jì)的科學(xué)難題提供了關(guān)鍵答案。該成果入選2023年清華大學(xué)最受師生關(guān)注的年度亮點(diǎn)成果。《自然》(Nature)等眾多國(guó)際國(guó)內(nèi)學(xué)術(shù)期刊對(duì)該論文進(jìn)行了亮點(diǎn)評(píng)述,認(rèn)為該成果“引人入勝”,是“植物重力感應(yīng)領(lǐng)域具有里程碑意義的工作”。

陳浩東(左)指導(dǎo)學(xué)生做實(shí)驗(yàn)

在陳浩東團(tuán)隊(duì)給出的答案中,一個(gè)不容忽視的角色是LAZY蛋白。早在1931年與1938年,lazy突變體就分別在玉米與水稻中被篩選到。這些突變體的地上部分相比于野生型更多地偏離豎直方向,呈現(xiàn)“慵懶”狀態(tài),因而得名。直到2007年,LAZY基因才被成功鑒定,中國(guó)與日本科學(xué)家同期在水稻中鑒定到了LAZY1基因。此后,該基因家族被發(fā)現(xiàn)廣泛參與擬南芥、玉米、苜蓿、李子樹(shù)、百脈根等多種物種中的向重力性調(diào)控,并且同時(shí)參與植物地上與地下部分的向重力性調(diào)控。陳浩東團(tuán)隊(duì)通過(guò)對(duì)擬南芥進(jìn)行基因編輯和遺傳回補(bǔ)實(shí)驗(yàn),證實(shí)了LAZY2、LAZY3、LAZY4這三個(gè)基因?qū)τ谥参锔恼蛑亓π允潜匦璧?。接著,他們又發(fā)現(xiàn)LAZY蛋白定位在根尖柱細(xì)胞(也就是感受重力的細(xì)胞)的細(xì)胞膜和淀粉體膜上,并且在細(xì)胞膜上的定位呈現(xiàn)下側(cè)多上側(cè)少的極性,從位置上直接表現(xiàn)出強(qiáng)烈的“指地針”屬性?!按藭r(shí),我們對(duì)LAZY蛋白的認(rèn)識(shí)一下就提升了,下一步就是看它們具體如何轉(zhuǎn)移與執(zhí)行功能?!标惡茤|說(shuō)。

植物根尖向下生長(zhǎng),并不像之前人們想象的因細(xì)胞中淀粉體的重量產(chǎn)生了向下拉扯或壓力,而是LAZY蛋白結(jié)合到淀粉體表面上并隨著淀粉體的沉降產(chǎn)生了位移,陳浩東形象地稱(chēng)之為“船載貨行”。當(dāng)植物偏離重力方向時(shí),MKK5-MPK3蛋白激酶模塊與LAZY蛋白的相互作用增強(qiáng),導(dǎo)致LAZY蛋白磷酸化程度增加,LAZY蛋白獲得磷酸化這張“船票”后與淀粉體表面的TOC34/120/132蛋白的相互作用增強(qiáng),并作為“貨物”隨著“船只”淀粉體沉降到細(xì)胞新的底部。此過(guò)程中,LAZY蛋白如同乘坐航船在海浪中行進(jìn),并在淀粉體沉降到細(xì)胞新底部后,逐漸離開(kāi)“船只”聚集到新的下側(cè)細(xì)胞膜上,而后指導(dǎo)了生長(zhǎng)素的不對(duì)稱(chēng)分布,從而引發(fā)植物的向重力性生長(zhǎng)反應(yīng)。當(dāng)植物根尖重新沿著重力方向豎直向下生長(zhǎng)時(shí),LAZY蛋白就會(huì)失去“船票”回歸到初始狀態(tài)。

植物根尖感受重力的模型

這個(gè)機(jī)制中環(huán)環(huán)相扣的每一步都建立在縝密的邏輯推理和實(shí)驗(yàn)論證基礎(chǔ)上,其中甚至離不開(kāi)研究者大膽的推演。LAZY基因在2007年就被學(xué)界鑒定到,淀粉體上的TOC蛋白在2009年被報(bào)道參與植物的向重力性,但在過(guò)去十多年的時(shí)間里,二者只是獨(dú)立存在的科學(xué)事實(shí),并沒(méi)有被聯(lián)系在一起。直到陳浩東團(tuán)隊(duì)通過(guò)細(xì)胞生物學(xué)實(shí)驗(yàn)觀(guān)察到LAZY蛋白出現(xiàn)在淀粉體表面,他們大膽地推測(cè)二者之間或許存在直接相互作用。在這種思路的啟發(fā)下,經(jīng)過(guò)一系列實(shí)驗(yàn)和驗(yàn)證,他們成功揭示了植物感受重力的分子機(jī)制,為120年前提出的“淀粉-平衡石”假說(shuō)提供了分子解釋。

對(duì)科學(xué)難題的揭秘,挑戰(zhàn)無(wú)處不在。LAZY蛋白本身含量就很少,更何況磷酸化只是它表面一種很小的修飾,這種修飾又是不穩(wěn)定、容易消失的,因此“如何能可靠地檢測(cè)到磷酸化”便成了很大的難題。在利用顯微鏡觀(guān)察LAZY蛋白在細(xì)胞中的定位時(shí),既要求LAZY-GFP蛋白(即融合了熒光蛋白的LAZY)達(dá)到足夠的量以便能被觀(guān)察到,又要求其量不能過(guò)多,以免掩蓋可能出現(xiàn)的極性分布變化。面對(duì)種種挑戰(zhàn),陳浩東團(tuán)隊(duì)成員精誠(chéng)合作,通過(guò)努力為一個(gè)又一個(gè)難題找到了解決方案,并綜合多方面數(shù)據(jù)來(lái)提出最合理的假設(shè)。此過(guò)程不僅需要深刻思考,更需要做決策的勇氣。

陳浩東將做研究的過(guò)程比喻為“盲人摸象”。植物感受重力的分子機(jī)制是一個(gè)極其復(fù)雜且未知的領(lǐng)域,科學(xué)家們無(wú)法一開(kāi)始就看到整個(gè)機(jī)制的全貌,只能通過(guò)一個(gè)個(gè)微小的實(shí)驗(yàn)逐步摸索。只有把所有的結(jié)果綜合起來(lái),才能最終拼湊出完整的科學(xué)圖景?!暗矸垠w沉降、LAZY蛋白、TOC蛋白、激酶……我們做的最重要的事情就是通過(guò)生化、細(xì)胞、遺傳等實(shí)驗(yàn)把這些因子之間的聯(lián)系全面建立起來(lái)。”

揭示植物感受重力的分子機(jī)制,不僅深化了對(duì)植物生長(zhǎng)機(jī)制的理解,而且可以在現(xiàn)實(shí)中指導(dǎo)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)、太空育種等,為生態(tài)環(huán)境維護(hù)和人類(lèi)發(fā)展發(fā)揮關(guān)鍵作用。

近150年前,達(dá)爾文切除了植物的根尖并把植物橫向放置,發(fā)現(xiàn)它們沒(méi)有辦法再向下彎曲生長(zhǎng),由此他確定了植物根部感受重力的部位是根尖。通過(guò)進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn),他發(fā)現(xiàn)有物質(zhì)(后來(lái)被確定為生長(zhǎng)素)可以從根尖向伸長(zhǎng)區(qū)傳遞,驅(qū)動(dòng)彎曲生長(zhǎng)。在《植物的運(yùn)動(dòng)本領(lǐng)》(The Power of Movement in Plants)這本書(shū)中,他詳盡地記錄下了整個(gè)實(shí)驗(yàn)過(guò)程與結(jié)果。陳浩東熟練地從書(shū)架取下那本厚厚的《植物的運(yùn)動(dòng)本領(lǐng)》,翻到對(duì)應(yīng)的頁(yè)面,指給記者看并說(shuō):“直到現(xiàn)在,我們的研究還沒(méi)有跳出他給出的理論框架?!比欢?,LAZY蛋白為何會(huì)在植物相對(duì)重力方向改變時(shí)增強(qiáng)磷酸化?植物中是否還存在其它感知重力的方式?從細(xì)胞極性到植物器官向性生長(zhǎng)之間的信號(hào)傳遞過(guò)程是怎樣的?在這個(gè)領(lǐng)域中,仍有一系列的未知等待著人類(lèi)去探索與揭秘。

陳浩東課題組2024年合影

2023年在《細(xì)胞》發(fā)表的這篇揭示植物感受重力分子機(jī)制的論文已在領(lǐng)域內(nèi)產(chǎn)生了廣泛影響,該成果是團(tuán)隊(duì)成員精誠(chéng)協(xié)作、努力拼搏取得的。陳浩東為論文通訊作者,其團(tuán)隊(duì)成員陳家悅、于仁波、李娜、鄧兆國(guó)、張欣欣、趙亞冉、曲城甫為論文共同第一作者;袁艷芳、潘哲賢、周楊楊、李昆侖、汪加軍、陳之忍、王笑一、王笑連、賀舒楠為參與作者。北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)學(xué)院及北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院鄧興旺教授、美國(guó)新澤西州立羅格斯大學(xué)董娟教授為研究作出了重要貢獻(xiàn)。